В середине 1950-х годов, в условиях общеполитической оттепели, верующие вправе были рассчитывать на более лояльную политику в отношении религии. Этому способствовал и выход постановления ЦК КПСС от 10 ноября 1954 г. «Об ошибках в проведении научно-атеистической пропаганды среди населения», вызвавший новый наплыв ходатайств о регистрации религиозных обществ.

Но в 1958 г. начался новый массированный натиск на религию. Провозгласив развёрнутое строительство коммунизма, Н. С. Хрущёв поставил задачу «преодоления религии как пережитка капитализма в сознании людей». В этих условиях главным направлением работы стала борьба против незарегистрированных общин и групп верующих, а также служителей культа, поскольку заметного отдаления верующих от мечети и спада активности духовенства, особенно на селе, не наблюдалось.

Для изменения ситуации в 1961 г. в областях и республиках СССР были образованы группы содействия исполкомам районных и городских Советов депутатов трудящихся по соблюдению законодательства о религиозных культах. По результатам единовременного учёта религиозных объединений и духовенства только в центральной части СССР было выявлено более двух тысяч неофициально действовавших мусульманских религиозных объединений, а также более 2 500 нелегально работавших мулл (против 395 зарегистрированных).

Сохранению мусульманских традиций на бытовом уровне способствовали правила исполнения мусульманских обрядов, которые можно было отправлять в домах и квартирах. Едва ли не самым важным обстоятельством выживания ислама были традиции, связанные с бракосочетанием и рождением ребенка, похоронные и поминальные обряды, объединявшие мусульманские общества и облегчавшие приобщение молодёжи к исламу на примере старшего поколения.

После смещения Н. С. Хрущёва в религиозной политике государства стали применяться менее радикальные методы. В этот период власть стала более активно стимулировать участие духовенства в общественной жизни страны. Мусульманское духовенство, как и служители культа других верований, активно занималось сбором денежных средств для Фонда мира, Общества охраны памятников и на другие цели. Подобная деятельность религиозных организаций поощрялась властями. Так, в 1977 г. за активное участие в работе советского Фонда мира почётными грамотами были награждены служители культа всех зарегистрированных религиозных общин страны.

Стала очевидной негласная договорённость между властями и религиозными организациями, при которой религиозные деятели вполне довольствовались существующими «свободами», а власти терпели тот уровень религиозности населения, который сохранился к данному времени.

Середина 1970-х годов ознаменовалась разрядкой напряжённости международных отношений, одним из проявлений которой стало вступление в силу в 1976 г. на территории СССР Международного пакта о гражданских и политических правах. В статьях пакта, имевших отношение к духовной сфере, декларировалась свобода принимать религию по своему выбору, исповедовать ее как единолично, так и сообща с другими. В действительности же, как и прежде, всё свелось к декларации свободы вероисповедания.

Рубеж 1970–1980-х годов ознаменовался усилением роли ислама в международных отношениях. Вторжение советских войск в Афганистан и борьба с его мусульманской оппозицией не могли способствовать улучшению отношений между властью и мусульманами. В этот период государство чётко разделило ислам на две категории. К первой был отнесен прогрессивный ислам, то есть миротворческое мусульманское духовенство Советского Союза, ко второй — реакционное духовенство за рубежом. Наличие последнего позволяло власти поддерживать в советском обществе определённый страх перед исламом в целом, создавая у людей заведомо предвзятое отношение к нему как к одной из причин дестабилизации за рубежом и потенциальной опасности внутри страны.

Методы и механизмы религиозной политики Советского государства в разные годы зависели от общеполитических тенденций, преобладавших в стране в тот или иной период. Несмотря на различия применявшихся методов, цель государства всегда оставалась неизменной — «полное искоренение религиозных предрассудков из сознания советских людей». Тем не менее, история ислама в СССР позволяет говорить о том, что, несмотря на все притеснения и унижения, которым подвергались верующие, ислам сумел сохранить некоторые свои позиции и оказывал влияние на значительную часть населения мусульманских регионов.