После разгрома армии делийского султана при Панипате в апреле 1526 года главная угроза для тимуридского правителя Мухаммада Бабура исходила от раджпутских князей. Сражение между мусульманами и индуистами было неизбежным, и после длительных приготовлений две армии встретились на равнине возле деревни Кхануа. Сознавая, что противник постарается использовать огромный численный перевес, Мухаммад Бабур расположил свою армию в том же порядке, что и в сражении при Панипате. Впереди на одной линии находилась почти тысяча повозок с пушкам, связанных друг с другом железным цепями, а за ними располагались основные силы. Между парами повозок оставались промежутки около 50 метров, способные пропустить до 100 всадников. Позади них находилась артиллерия под командованием Низамуддина Али Халифы. Устаз Али Кули со своими мортирами и другими передвижными орудиями был поставлен перед центром правого крыла, которым командовал сын Бабура Хумаюн. Стрелки под началом Мустафы ар-Руми со своими треножниками выстроились в одну линию с пушками сразу за рвом, вырытым там, где артиллерийская поддержка была недостаточной. Сразу за артиллерией построились всадники, разделённые на центр, правое и левое крылья, причём правый и левый фланги окаймляли отряды отборной кавалерии, которой были поручены особые тактические задачи.

Армия раджпутов представляла собой феодальное ополчение, оснащённое мечами, луками, копьями и совершенно не имевшее огнестрельного оружия. Перед сражением войска разворачивались в линию, причём военачальники в центре и на флангах обычно принимали решения независимо от главнокомандующего. Основной силой индуистов была конница. Практически все они имели кольчуги или кирасы. Наряду с конницей ударную силу средневековой индийской армии составляли боевые слоны, на которых в специальных башенках сидели погонщик и лучник. Тактика армии раджпутов имела ярко выраженный наступательный характер: обычно вперед пускали слонов, которые должны были нарушить строй противника. После этого в бой вступала кавалерия. В рукопашной схватке преимущество нередко оказывалось на стороне воина-раджпута, который из-за кастовой принадлежности с детства обучался искусству владения мечом.

В 9 часов утра армии Бабура и Рана Санги схлестнулись в жестокой схватке. Полчища индуистов, насчитывавшие 80 тысяч всадников и 500 боевых слонов, с оглушительными криками стали приближаться к центру мусульманской армии. Однако тут же по приказу Устаза Али Кули был сделан пробный выстрел из мортиры. Огромное каменное ядро разорвалось недалеко от передней линии раджпутов, внеся смятение в их ряды и напугав слонов. Вслед за этим стрелки открыли по противнику прицельный огонь, оказавшийся весьма эффективным.

На первом этапе боя падишах моголов рассчитывал отсидеться за оборонительными рядами, массированно используя огнестрельное оружие и артиллерию, чтобы перейти в атаку, когда враг достаточно ослабнет. По ходу сражения он полностью контролировал ситуацию в своём войске, рассылая во все стороны адъютантов и курьеров, которые передавали его приказы командирам. Всем подразделениям было приказано не покидать своих позиций и не вступать в бой без команды.

Благодаря огневой мощи центр обороны Бабура легко сдерживал атаки раджпутов. Это было неприятным сюрпризом для индуистского командующего, которому по ходу битвы пришлось менять свой первоначальный план. Он ослабил натиск на центр мусульман, перегруппировал свои силы и начал искать судьбу на флангах. Как красочно выразился хронист: "На правом и левом флангах разгорелась такая битва, что дрожала земля, и Вселенная отзывалась лязгом металла".

Сначала раджпуты бросились на правый фланг моголов, используя боевых слонов как прикрытие. Натиск был чрезвычайно силен, и правое крыло оборонявшихся сильно пострадало. Моголы уже собирались отступать, когда к ним подоспел отряд Чин Тимура. Атака раджпутов захлебнулась, а Чин Тимур перешел в контратаку и продвинулся почти до центра вражеской армии. Впоследствии за проявленный героизм ему была назначена большая награда. Тем временем индусы продолжали наступление на флангах, но благодаря подкреплениям, вовремя присылаемым Бабуром, мусульмане не только отбивали вражеские атаки, но и теснили противника в центр, под убийственный артиллерийский и мушкетный огонь. Наконец, в самый разгар сражения к Бабуру переметнулся один из раджпутских военачальников Силхади, находившийся на левом крыле. Он увёл с собой 6 тысяч воинов, что вызвало всплеск негодования среди индуистов и внесло расстройство в расположение их войска.

Первый этап битвы, продолжавшийся почти четыре часа, характеризовался относительно равной борьбой, не выявившей победителя. Раджпутам не удалось смять ряды могольской армии, а у Бабура не было достаточно сил для окружения противника. Падишах несколько раз посылал два мобильных кавалерийских отряда для окружения Рана Санги, но численное превосходство раджпутов было слишком велико для успешного осуществления этого плана.

В полдень интенсивность сражения спала, но уже через час оно перешло во вторую фазу. Почти сразу серьёзное пулевое ранение получил командующий раджпутов Рана Санга. Индуисты утратили контроль за действиями своих частей, которые оказались предоставлены сами себе. Не помогло и то, что раджпутские князья выдали за своего командующего другого человека, посадив его на боевого слона. В это время в бой вступили гвардейские части Бабура, которые находились в резерве, позади повозок и стрелков. Они выбрались из-за укрытия и атаковали центр врага. Одновременно с этим стрелки, которыми командовал Мустафа, выдвинули вперёд свои треножники, тем самым приближая смертоносный огонь к раджпутскому войску и производя в нем настоящие опустошения. Наконец, приблизилась и колёсная артиллерия, во главе которой стоял сам Бабур. "Как раз тогда был отдан приказ выдвинуть вперёд повозки из центра, — пишет хронист, — и Его Величество сам двинулся против врага. Славная армия, заметив это, заволновалась, подобно вздымающемуся морю, и тотчас бросилась на штурм вражеских рядов".

Наступил решающий этап битвы. Несмотря на чудовищные потери, раджпуты пытались задавить моголов своим числом. В какой-то момент показалось, что чаша весов готова склониться на сторону индуистов, и тогда Бабур бросил на помощь центру последний резерв — дополнительный кавалерийский отряд, а командиру артиллеристов приказал удвоить огонь. Огонь из мушкетов и пушек буквально выкашивал ряды противника, но время от времени индуистам удавалось оттеснить оба крыла могольских сил и прорываться в центр. Между тем преимущество мусульман в огнестрельном оружии сказывалось, и когда атаки подуставшего противника пошли на убыль, моголы перешли в наступление на обоих флангах. Индуисты перестали сопротивляться и обратились в бегство. Мусульмане овладели опустевший лагерь Рана Санги, который находился в четырёх милях от места сражения, и захватили многочисленные трофеи. Часть победителей бросилась преследовать беглецов, добивая их прямо по дороге, но близился вечер, и им пришлось вернуться в лагерь.

Тактическая задумка падишаха и ставка, сделанная на самое современное оружие, оправдали себя и во многом определили исход сражения. Однако немаловажными причинами успеха мусульман были его публичное раскаяние и нахождение среди воинов. Мухаммад Бабур не только своим примером вселял уверенность в воинов, но и постоянно напоминал им о том, что победа приходит только от Аллаха. Он разрушает козни нечестивцев и наносит им удар оттуда, откуда они ждут его меньше всего. Так произошло и во время битвы при Кхануа, когда многочисленный отряд мусульман неожиданно опомнился и покинул ряды индуистов. Возможно, это было результатом пропагандистской работы, которую воины-мусульмане вели среди своих единоверцев, поначалу поддержавших Рана Сангу.

После победы над раджпутами Мевара столицей империи Великих Моголов стала Агра. Короткое царствование Бабура в Хиндустане было отмечено частыми войнами с соседними раджпутскими князьями и сторонниками свергнутых султанов из династии Лоди. Будучи бесспорно одаренным политиком, военачальником, ученым и поэтом, Мухаммад Бабур стремился создать могущественное и процветающее государство. Он установил добрые отношения с Шейбанидами и даже отправил послов к русскому князю Василию III Ивановичу. Но его большим планам не суждено было сбыться из-за внезапной болезни. За три дня до смерти падишах собрал своих приближенных, объявил наследником своего сына Хумаюна и взял с присутствовавших там клятву на верность ему. Он скончался в своей резиденции 6 джумада аль-ула 937/ 26 декабря 1530, а через шесть месяцев согласно завещанию был похоронен в прекрасном саду, который он в свое время разбил в Кабуле. Мавзолей на его могиле был построен лишь в 1646 году по распоряжению Шаха Джахана. На протяжении двух веков потомки Мухаммада Бабура оставались самыми богатыми и могущественными правителями в регионе. Они были ревностными хранителями ислама и щедрыми покровителями искусства. Пришедшая в упадок Могольская империя прекратила существование в сентябре 1857 года, когда англичане после длительной осады захватили Дели.