Её строительство было начато сразу после переселения Пророка Мухаммада в 622 г. Поначалу бóльшая часть мечети представляла собой открытый двор, а её площадь составляла 1060 квадратных метров. После последнего расширения, продолжавшегося десять лет и завершившегося в апреле 1994 г., застроенная площадь мечети составила 82 тысячи квадратных метров.

Молитва в мечети Пророка считается главной целью паломничества в Медину. Посланник Аллаха сказал: «Намаз в моей мечети в тысячу раз превосходит намаз в любой другой мечети, кроме Заповедной мечети, а намаз в Заповедной мечети во сто раз превосходит намаз в моей мечети».

При посещении Медины обычно посещают и могилу Пророка, чтобы поприветствовать его и помолиться за его благословение, кладбище Баки-эль-Гаркад, на котором похоронены жёны Пророка и многие славные сподвижники, а также место захоронения семидесяти сподвижников, погибших в сражении при Ухуде. К достойным поступкам относится моление в первой построенной мусульманами мечети — мечети Кубá, которая особо отмечена в Коране и названа «мечетью, которая с первого дня была основана на богобоязненности» (сура 9 «Покаяние», аят 108). В хадисе сообщается, что посещение этой мечети и молитва в ней равноценны малому паломничеству в Мекку.

Центральная часть Медины, расположенная между горами Айр на юге и Саур на севере, считается заповедной. С востока и запада она ограничивается двумя лавовыми полями, которые называются харра. Как и в Мекке, здесь запрещается охотиться, рубить деревья, обламывать ветви растений. Однако запреты, касающиеся заповедных земель Медины, не являются такими же категоричными, как в Мекке. Например, если человек преднамеренно убил животное в Мекке, то в качестве искупления он должен совершить жертвоприношение, накормить бедняков или поститься. Если он совершил такой же поступок в Медине, то ему достаточно принести покаяние. Кроме того, в Медине разрешается косить траву или рубить деревья, если в этом есть необходимость, например для кормления скота или изготовления орудий труда.

Третьей святыней, к которой разрешается совершать паломничество, является мечеть Аль-Акса («Удалённая») в Иерусалиме (Эль-Кудсе). Согласно традиции, она была построена через сорок лет после воздвижения Каабы. В эту мечеть был перенесён Пророк Мухаммад во время ночного путешествия, и там он совершил намаз из двух ракяатов. Мечеть Аль-Акса была первой кыблой в истории ислама: мусульмане поворачивались лицом к ней во время молитв в течение тринадцати лет в Мекке и 17 месяцев после Хиджры в Медину.

Мечетью Аль-Акса считается комплекс храмовых сооружений общей площадью 114 тысяч квадратных метров, расположенный в юго-восточной части Иерусалима. На территории комплекса расположено около двухсот памятников, важнейшими из которых являются мечети Аль-Кыбли и Куббат-ас-Сахра («Купол скалы»). Соборная мечеть Аль-Кыбли — первое сооружение, воздвигнутое на территории комплекса в эпоху ислама. Она получила такое название, потому что находится в южной части комплекса, ближайшей к кыбле мусульман. Её легко узнать по тёмному куполу. Некоторые люди ошибочно называют её мечетью Аль-Акса, хотя в действительности она является лишь частью комплекса. Впервые она была построена в период правления Умара бин аль-Хаттаба, в 15 году хиджры (в 636 г.), когда мусульмане покорили Иерусалим. При халифах Абд-аль-Малике бин Марване (685–705) и его сыне аль-Валиде (705–715) она была увеличена и впоследствии несколько раз восстанавливалась после разрушительных землетрясений. Мечеть Куббат-ас-Сахра была построена в годы правления Абд-аль-Малика бин Марвана. Существует мнение, что именно от скалы, над которой был возведён золотой купол, Пророк Мухаммад был вознесён на небеса.

В исламе не принято совершать паломничества к другим мечетям или мавзолеям. Пророк сказал: «Запрягать животных можно только для путешествия к трём мечетям: Заповедной мечети, моей мечети и мечети Аль-Акса».