13 шабана 1031 года от Хиджры (13 (23) июня 1622) после 35-дневной осады войска сефевидского правителя Аббаса I сломили сопротивление трехтысячного могольского гарнизона и заняли город Кандагар. Во всех крупных городах Ирана под музыкальный аккомпанемент было зачитано шахское послание, в котором прославлялась доблесть шахской армии. После овладения Кандагаром Аббас I сделал дипломатический жест для сохранения дружеских отношений с падишахом империи Великих Моголов Джахангиром, отправив к нему посольство с приношениями и дарами. Падишаху Шах-Джахану, сыну Джахангира, удалось отвоевать город у шаха Аббаса II в 1638 году, но через одиннадцать лет иранцы в очередной раз заняли Кандагар и владели им вплоть до восстания афганского племени гильзаев в 1709 году. После гибели Надир-шаха Афшара в 1747 году Кандагар навсегда отделился от Ирана и стал первой столицей Дурранийской империи.

Соседство с могущественной узбекской династией Шейбанидов, претендовавшей на земли Хорасана, способствовало сближению Сефевидов и Бабуридов уже на заре этих династий. После гибели Мухаммада Шейбани в 1510 году Мухаммад Бабур, не оставлявший попыток вернуть Самарканд, обратился за помощью к шаху Исмаилу I и согласился чеканить монеты от его имени и упоминать его имя в проповеди, фактически сделавшись вассалом Сефевидов. При поддержке хорошо вооруженных кызылбашей Мухаммад Бабур вытеснил узбеков и занял Самарканд. Однако жители города, радостно встретившие тимуридского наследника, вскоре были разгневаны грубым обращением шиитских ревнителей, к тому же оскорблявших праведных халифов. После возвращения кызылбашей в Азербайджан на зимние квартиры жители Самарканда отказались помогать Бабуру в его борьбе против узбеков. Он потерял столицу своих предков в третий и в последний раз и больше туда не возвращался, а после сокрушительного поражения шаха Исмаила от османской армии при Чалдыране в 1514 году он отступил от своих обязательств перед Сефевидами. Однако сефевидские правители, будучи искушенными политиками, не желали терять союзника в лице Бабуридов, и когда старшему сыну Бабура Хумаюну, изгнанному из Индии пуштунским военачальником Шер-шахом, понадобилась помощь, он нашел ее у сына Исмаила, шаха Тахмаспа I.

Случилось это в 1543 году, когда после серии неудачных попыток вернуть себе трон Хумаюн вернулся в Афганистан и столкнулся с предательством своего брата Камран-мирзы. Едва избежав пленения, с небольшим отрядом своих сторонников он укрылся в Персии, после чего сумел без боя овладеть Кабулом. В благодарность за оказанную помощь Хумаюн передал Сефевидам Кандагар, а в 1595 году его сын Акбар Великий, воспользовавшись нестабильностью в Иране и не встретив сопротивления, вернул город под контроль моголов. Шах Аббас был потрясён потерей крепости, но воздержался от военного вмешательства, поскольку в то время иранская армия вела тяжёлую войну на западном фронте против Османской империи. После смерти Акбара в октябре 1605 г. сефевидский наместник Герата Хусейн-хан предпринял поход на Кандагар. Гарнизон во главе с Шах Бег-ханом выдержал многомесячную осаду, а на следующий год новый падишах моголов Джахангир послал армию, которая окончательно сняла осаду. Для сохранения добрососедских отношений шах Аббас I в своём послании к Джахангиру осудил действия своего наместника.

Между тем персидский правитель даже не думал отказываться от своих притязаний на Кандагар. Его сговорчивость была лишь политическим шагом, вызванным очередной войной с турками. После заключённого в сентябре 1618 года Серавского мира с Османской империей взоры шаха вновь обратились к восточным границам. Момент для возвращения Кандагара был выбран удачно. Армия моголов была задействована в борьбе против раджпутов и афганских военачальников, которые добивались самостоятельного управления своими провинциями. Для вторжения нужен был лишь повод, и правителю Сефевидов он вскоре представился. Персидский посол при дворе падишаха отказался склониться в знак приветствия перед Джахангиром, и в Исфахане возмущение моголов было расценено как оскорбление.

Тщательные приготовления к походу начались осенью 1621 года, когда в Хорасан были направлены войска вместе с шахскими мастерскими во главе со смотрителем дворцовых мастерских Заман-беком. После зимовки в Нишапуре войска направились в Фарах, где три недели дожидались прибытия августейшей свиты. Добравшись до Фараха, шах Аббас I еще целую неделю оставался в парке на берегу реки вблизи крепости, пока 25 апреля 1622 года огромное войско не двинулось на Кандагар. Подробные сведения о походе на Кандагар содержатся в персидских хрониках «Ихйа аль-мулук» (Воскрешение царей) Малика Шах-Хусейна Систани и «Тарих-и алем арай-и Аббаси» (История украшателя мира Аббаса) Искандера Мунши. Согласно Малику Шах-Хусейну, осада крепости началась 17 июня, но активных боевых действий не велось. За восемь дней землекопы сумели подвести ходы под основания башен, которые вскоре рухнули. Защитники крепости попросили пощады, и чагатайская знать была удостоена чести приложиться к ногам шаха. Им были даны три дня отсрочки, после чего они вместе с женами и остальными своими людьми были снабжены верблюдами, лошадьми и всем необходимым и отправились в Индию.

Как видим, и это подтверждается свидетельством итальянского путешественника Пьетро делла Валле, захват Кандагара был нетрудным делом, поскольку крепость охранялась относительно небольшим гарнизоном. Могольская армия в тот период принимала участие в боевых действиях в Декане, и поэтому падишах Джахангир решил не отправлять ни одного отряда на выручку гарнизону крепости. Правитель Кандагара Абдульазиз-хан, зная об этом, не стал подвергать жизни своих воинов неоправданному риску и в конце концов сдал город на почетных условиях. Вместе с ним в Индию был отправлен посол иранского шаха Хайдар-бек с подношениями и дарами и посланием в стихах, скреплённым шахской печатью, в котором говорилось о промедлении гарнизона в сдаче крепости и вынужденном взятии её силою.

Востоковед К. К. Эдвардс так описывает это событие: «Шах Аббас вовсе не желал, чтобы индийская армия опустошила его провинции. Потому, заполучив, наконец, Кандагар в свои руки, он привёл в движение свой восточный хитрый ум и написал императору Индии послание, в котором пытался объяснить инцидент с Кандагаром. Он ожидал якобы, что Джахангир добровольно вернёт ему Кандагар, который изначально был собственностью его рода. Но, обманувшись в своих ожиданиях, подумал, что, быть может, Кандагар столь незначительное владение, которое недостойно внимания индийского императора, и потому, чтобы привлечь к нему внимание Джахангира, он решил нанести визит в те места, поохотиться там, рассчитывая на внимание представителей своего выдающегося брата. Посему он отправился в Кандагар без орудий для осады крепости. Когда он прибыл туда, то поставил в известность правителя Кандагара о своём приезде. Однако тот выказал "упрямый и мятежный дух", и шах вынужден был обложить и взять крепость силой».

После трёхнедельного пребывания в Кандагаре войска Аббаса I откочевали из Кандагара. Кандагарскую крепость и обширные окрестные территории шах пожаловал в управление правителю Кирмана Гандж Али-хану. Тот продолжал править Кандагаром до своей смерти в 1625 году, после чего город унаследовал его сын Али Мардан-хан, который в 1637-38 годах перешел на сторону падишаха Индии.