Посланник Аллаха, да благословит его Аллах и приветствует, стал лагерем к востоку от укреплений ан-Натата вне пределов досягаемости стрел иудеев. Военные действия начались с осады укрепления На‘им, стены которого были высоки и казались неприступными. Это укрепление, в котором находился один из лучших бойцов иудеев Мархаб, один стоивший многих, было первой линией обороны Хайбара. Первые несколько дней осады мусульмане и иудеи в основном были заняты перестрелкой, после чего посланник Аллаха да благословит его Аллах и приветствует, порадовал мусульман вестью о близкой победе, сказав: «Завтра я обязательно вручу знамя тому человеку, который любит Аллаха и Его посланника и которого любят Аллах и Его посланник». Каждый мухаджир и ансар провёл эту ночь, желая, чтобы этим человеком оказался именно он, но на следующее утро Пророк, да благословит его Аллах и приветствует, спросил: «Где Али?» Ему сказали: «У него болят глаза», и тогда Пророк, да благословит его Аллах и приветствует, послал за ним, а когда его привели, посланник Аллаха, да благословит его Аллах и приветствует, поплевал на его глаза, воззвал к Аллаху, и боль прошла, будто её и не было, а потом он вручил ему знамя и велел Али призвать иудеев к Исламу, прежде чем он начнёт сражаться с ними.

Этой ночью иудеи переправили всех своих женщин и детей в аш-Шикк, решив наутро принять бой с мусульманами. Когда Али ибн Абу Талиб, да будет доволен им Аллах, приблизился к ним, он увидел, что они готовятся к сражению. Как и было ему велено, он призвал их к Исламу, но они отвергли этот призыв, а Мархаб стал вызывать кого-нибудь на поединок, размахивая своим мечом.

Его вызов принял Амир ибн аль-Аква, и они обменялись ударами. Мархаб нанёс свой удар по плечу Амира, а Амир хотел поразить голень Мархаба, но поскольку меч его оказался слишком коротким, он не смог дотянуться до него, более того, он поранил мечом своё собственное колено, и позднее скончался от этой раны. О нём Пророк, да благословит его Аллах и приветствует, сказал так: «Поистине, ждет его двойная награда: сражался он на пути Аллаха, и мало кто из арабов прожил такую жизнь!»

А потом на поединок с Мархабом вышел Али, который отрубил ему голову. После них в единоборство с аз-Зубайром ибн аль-Аввамом вступил брат Мархаба, и аз-Зубайр убил его, а затем завязался жестокий бой, в котором многие знатные иудеи нашли свою смерть. В результате этого их боевой дух упал, и они оставили свои позиции, а преследовавшие их мусульмане на плечах убегавших иудеев ворвались в первое укрепление. Тогда иудеи укрылись во втором, то есть в ас-Са‘бе, а в На‘име мусульмане захватили много съестных припасов и оружия.

После этого мусульмане, которыми руководил аль-Хаббаб ибн аль-Мунзир, в течение трёх дней подвергали осаде укрепление ас-Са‘б, а на третий день посланник Аллаха, да благословит его Аллах и приветствует, воззвал к Аллаху с просьбой о победе и добыче, после чего повёл мусульман в атаку. И снова после поединков завязался жестокий бой, завершившийся ещё до захода солнца разгромом иудеев и овладением укрепления ас-Са‘б, где мусульмане обнаружили много курдючного жира и прочих съестных припасов, запасы которых в этом укреплении были наиболее крупными. До этого мусульмане сильно страдали от голода и даже стали резать ослов, однако посланник Аллаха, да благословит его Аллах и приветствует, запретил употреблять в пищу их мясо, и котлы, в которых оно варилось, были опрокинуты на землю.

Иудеи перебрались в укрепление аз-Зубайр, последнее укрепление в селении ан-Натат, и укрылись там, а мусульмане осадили его. На четвёртый день один из иудеев указал им местонахождение источников воды, которыми пользовались осаждённые, и они перекрыли их, после чего иудеи были вынуждены выйти наружу и принять бой, а потом они отступили в аш-Шикк и укрылись в укреплении Убайй.