История Бухары насчитывает более двух с половиной тысячелетий. Цветущий оазис на краю легендарной Согдианы возник благодаря реке Зеравшан, несущей свои живительные воды с хребтов Памира в пески Кызылкума. Покорившись бесстрашным воинам Кутайбы ибн Муслима, Бухара вскоре превратилась в средоточие исламской культуры и кадило божественного знания. Блистательная столица Саманидов едва ли уступала в славе и великолепии Багдаду. На огромных просторах исламского мира от Дели до Кордовы не было более авторитетного хадисоведа, чем Мухаммад ибн Исмаиль аль-Бухари, и более известного врачевателя, чем Абу Али Ибн Сина.
С началом монгольских завоеваний слава Бухары померкла, и город неоднократно подвергался разорениям. Магрибский путешественник Ибн Баттута, побывавший в Бухаре в 1333 году, описывает город, как пребывающий в упадке: «Его мечети, медресе и базары в развалинах, за исключением немногих, а жители унижены, и их свидетельство не принимается в Хорезме и других странах».
Но, как бы извилисто ни было русло, вода в реке всегда течёт прямо, и Бухара благодаря своему выгодному расположению постепенно наливалась жизнью и заново обретала торговое значение. В бытность Улугбека наместником Маверранахра в Бухаре строились дворцы, мечети, бани, чеканились медные монеты. В 1417 году по приказу Улугбека было построено медресе, старейшее из сохранившихся в городе до наших дней.
Однако настоящий расцвет Бухары начался после того, как город оказался во власти узбекской династии Шейбанидов. Мухаммад Шейбани, прямой потомок хана Джучи, тщетно пытался объединить владения своего деда Абулхайра на востоке Дешт-и-Кипчака, и в конце концов устремил свои взоры на Туркестан и Мавераннахр. В молодости Мухаммад Шейбани обучался в одном из бухарских медресе и был хорошо осведомлён о внутренних распрях среди Тимуридов. В 1501 году он сумел окончательно овладеть Самаркандом, позволив тимуриду Мухаммаду Бабуру уйти в обмен на согласие выдать за него сестру Бабура — Ханзадэ-бегим.
Проведя свою жизнь в войнах и объединив земли от Каспийского моря до пределов Китая, Мухаммад Шейбани-хан погиб в ноябре 1510 года в битве против войска Исмаила Сефеви. Узбеки едва не потеряли Мавераннахр, когда осенью 1511 года Бабур при поддержке кызылбашей вернул себе Самарканд и Бухару. Но тимуридский падишах совершил большую ошибку, признав себя вассалом шаха Исмаила и приняв шиитскую доктрину, что лишило его народной поддержки. В отличие от Бабура, Суюнчходжа-хан, преемник и дядя Мухаммада Шейбани, отказался мириться с шахом, известным ненавистью к суннитам, и в мае 1512 года узбеки разгромили войско Бабура и вернули власть над Мавераннахром. А в ноябре того же года под Гиждуваном войско узбеков одержало верх над объединённой армией Мухаммада Бабура и кызылбашей под командованием Наджми Сани.
Успех под Гиждуваном имел историческое значение, остановив экспансию кызылбашей в Мавераннахр и положив конец противостоянию между Бабуром и Шейбанидами. Разгромив вслед за этим войско чагатайцев под Пскентом, узбеки сохранили за собой весь Мавераннахр и правили справедливо, заслужив тем самым симпатии местных жителей. Правителем Бухары был назначен победитель Гиждуванской битвы Убайдулла-хан, племянник Мухаммада Шейбани-хана, знаток Корана, талантливый поэт и покровитель учёных.
Описывая деяния Убайдуллы-хана, который правил в Бухаре, автор «Тарих-и Рашиди» пишет: «Он был набожным мусульманином, богобоязненным и воздержанным. Все дела веры, страны, государства, войска и подданных он решал согласно закону шариата и не отступал от него ни на волос. В лесу храбрости он был отважным львом, а его ладонь была жемчужной раковиной в море щедрости. Его счастливая особа была украшена разными достоинствами. Он писал семью почерками, но лучше всего писал почерком насх. Он переписал несколько списков Корана и послал их в благословенные города».
При Убайдулле-хане Бухара преобразилась, а архитектура города вновь обрела утраченное единство. Предположительно в 1514 году была отреставрирована соборная мечеть Калян, построенная при караханиде Арслан-хане (1102—1130) и остававшаяся крупнейшей в Мавераннахре до 1404 года, когда было завершено строительство мечети Биби-Ханым в Самарканде. Считается, что нынешнее здание мечети было построено при Тимуридах, возможно, во время правления Улугбека (1409—1449), а по приказу Убайдуллы-хана фасад мечети был украшен грандиозным пештаком и был установлен новый михраб.
Напротив мечети было начато строительство медресе Мири Араб, которое превосходило размерами медресе Улугбека. Оно было названо в честь выходца из Йемена Амира Абдуллы аль-Ямани, ученика влиятельного накшбандийского шейха Ходжи Ахрара и духовного наставника Убайдуллы-хана. Долгое время считалось, что медресе было возведено после того, как в 1533 году Убайдулла-хан стал верховным ханом Шейбанидов. Эта датировка приводится и в «Воспоминаниях» таджикского советского писателя Садриддина Айни. Однако в источниках сообщается, что для завершения работ Убайдулла-хан пожертвовал средства, полученные от продажи трёх тысячи пленных персов. А поскольку последние крупные столкновения между узбеками и кызылбашами произошли в 1520-х годах, можно думать, что постройка началась раньше, возможно, параллельно или после реставрации мечети.
Медресе Мири Араб является частью архитектурного ансамбля Пои Калян — главной достопримечательности Бухары, в которую также входят мечеть Калян, минарет Калян и медресе Амир-Алимхана. Главный фасад медресе Мири Араб расположен прямо напротив фасада мечети Калян. В центре его — величественный и богато декорированный пештак с глубокой нишей. По краям главного фасада располагаются массивные полуцилиндрические башни-гульдаста.
В большом зале справа от входного портала устроена мечеть, а слева от него — усыпальница с мраморными надгробиями шейха Абдуллы аль-Ямани и мударриса Мухаммада Касыма, деревянная сагана Убайдуллы-хана (возможно, это всего лишь символическая могила) и несколько каменных надгробий. Оба помещения увенчаны хорошо узнаваемыми высокими куполами, облицованными голубой плиткой.
Внутренний двор окружен двухъярусной галереей с 111 худжрами, которые предназначались для студентов. Летние аудитории выполнены в виде айванов с небольшими порталами, а с наступлением холодов занятия проводились в дарсханах, находящихся в дальних угловых помещениях. Обучение в медресе было почетным и доходным занятием: студенты обеспечивались не только проживанием и питанием, но и получали стипендию.
Мири Араб — старейшее действующее медресе в Центральной Азии. Его деятельность была приостановлена в начале 1920-х годов, вскоре после захвата Бухарского эмирата Красной Армией. Но после того, как в годы Великой Отечественной войны советское руководство изменило отношение к религии и начало открывать мечети, власти столкнулись с нехваткой имамов. Осенью 1943 года Курултай мусульманских улемов в Ташкенте учредил Духовное управление мусульман Средней Азии и Казахстана, избрав его председателем уважаемого шейха Эшона Бабахана ибн Абдулмажидхана. Его стараниями в 1945 году медресе Мири Араб было восстановлено, получив статус мусульманского среднего учебного заведения.
Среди самых известных выпускников Мири Араб — узбекский богослов и кадий Баходирхон ибн Иброхимхужа, первый уфимский муфтий Мухаммеджан Хусаинов, татарский богослов Галимджан Баруди, первый верховный муфтий Казахстана Ратбек Нысанбаев, экс-президент Чеченской Республики Ахмат Кадыров, председатель Совета муфтиев России Равиль Гайнутдин, председатель Управления мусульман Кавказа Аллахшукюр Пашазаде и др.
