В шестидесятые годы XIX в. в России произошёл очередной поворот в государственной политике в отношении мусульман. С одной стороны, это было связано с необходимостью повсеместной языковой и культурной унификации. С другой стороны, этому способствовало негативное отношение мусульман Поволжья к Крымской войне 1853–1856 гг. Определённую роль также сыграли усиление процесса «отпадения» крещёных татар от христианства, появление новых модернистских тенденций в мусульманском сообществе.

В этот период ислам рассматривался правительством не просто как «инородное» вероисповедание, а как угроза самодержавию. В связи с этим были сделаны шаги по усилению миссионерской деятельности, введены образовательные цензы для мусульманского духовенства, установлены ограничения для мусульман на преподавание в казённых учебных заведениях и занятие должностей в органах местного самоуправления.

В таком положении ислам находился до начала XX в., когда обострение революционной ситуации вынудило правительство произвести некоторую либерализацию внутренней политики. В 1904 г. был подписан царский указ, предусматривавший пересмотр отношения «к инославным и иноверным исповеданиям». Значимым для мусульман документом стало Положение от 17 апреля 1905 г., расширявшее круг применения принципа веротерпимости. По этому документу не допускалось насильственное удержание в вере и переход в мусульманство больше не преследовался. Манифест 17 октября 1905 г. декларировал основные гражданские свободы, в том числе свободу совести. Эти правовые акты отражали процесс постепенной переориентации российского общества и государственной правовой системы на принципы буржуазного права, ставящего во главу угла свободу личности.

В новых условиях российские мусульмане получили возможность для идейного и политического единения, которое никоим образом не использовалось для распространения сепаратистских настроений. Мусульмане видели перспективы развития ислама в составе Российской империи, стремились предложить свои политические проекты правительству. В августе 1905 г. под председательством видного общественного деятеля Исмаил-бея Гаспринского состоялся I съезд мусульман России. Было принято решение о создании партии «Иттифак аль-муслимин» («Союз мусульман»), которая должна была всеми законными средствами бороться за отмену ограничений, которые установлены в отношении мусульман, и полного уравнения мусульман во всех правах.

В 1906 г. партия приняла устав, но не успела пройти регистрацию до начала выборов в I Государственную Думу. Поэтому было принято решение об участии в выборах по списку кадетской партии. Избранными оказались 36 представителей мусульман. Во II Думе, начавшей свою работу 20 февраля 1907 г., мусульман представляли 34 депутата. III Государственная Дума избиралась по чрезвычайно ужесточённым правилам; в частности, избирательного права были лишены казахи и туркестанцы. В связи с этим только десять представителей мусульман стали депутатами Думы. Думская деятельность позволила представителям мусульманских народов защищать интересы мусульманского населения страны в сфере образования и культуры, стала эффективно действующим каналом демократического влияния на внешнюю политику России.

Пик политической активности российских мусульман пришёлся на 1917 г. Подходы мусульманских общественных движений к внутриполитическим проблемам чётко обозначил Всеобщий всероссийский мусульманский съезд, собравшийся в Москве в мае 1917 г. Общины Поволжья, центральные губернии Европейской части России, Кавказ, Среднюю Азию, Казахстан и Сибирь были представлены 770 делегатами. Столь широкое представительство позволило съезду сконцентрировать в своих решениях все основные пожелания мусульман России в области религиозной, культурной и политической жизни. В работе съезда принимали участие почти все политические лидеры российских мусульман: Муса Бигиев, Заки Валиди, Гаяз Исхаки, Шакир Мухамедьяров, Гумер Терегулов, Алимардан Тобчибашев, Убайдулла Ходжа, Ахмед Цаликов. На этом съезде заявило о себе и движение женщин-мусульманок, организационно и идейно сформировавшееся на съезде женщин в апреле 1917 г. в Казани. Делегат Салима Якубова была избрана в президиум съезда.