В 1999 г. Совет муфтиев России (СМР) принял документ «Основные положения социальной программы российских мусульман». Принятие долгосрочной программы действия обозначило вступление российской мусульманской уммы в новую фазу государственно-исламских отношений, развивающихся на принципах демократии, взаимного доверия и признания основных свобод.

Наряду с основами мусульманского вероучения и религиозной практики, в документе отражено отношение ислама к вопросам межконфессионального диалога, светского государственного строительства, актуальным проблемам общества. Благодаря этому программа может быть эффективно использована в выстраивании государственно-исламских отношений в ближайшие десятилетия.

Авторы документа использовали богатый фактический и исторический материал, подчёркивающий созидательный потенциал ислама и конструктивную позицию российских мусульман и их организаций. В нём находит отражение социальная направленность исламского учения, его пристальное внимание к проблемам повседневной жизни, разъясняются утверждавшиеся веками принципы социальной поддержки малоимущих слоёв населения. Особое внимание обращается на важность традиционного института семьи для воспитания молодого поколения в духе любви к Родине, уважения национальных традиций, религиозной толерантности и осознания гражданского долга.

В документе отмечается, что за последние века между мусульманами и представителями других традиционных конфессий сложились добрососедские отношения, стороны активно вступают в конструктивный диалог, совместно участвуют в межрелигиозных форумах. Вместе с тем составители Программы категорически осуждают террор и экстремизм, любые варварские акты против гражданского населения. В документе указывается, что «российские мусульмане не разделяют попыток некоторых журналистов и политических деятелей связывать действия экстремистов с исламским вероучением, что является клеветой на ислам и разделяет людей по конфессиональному признаку».

В разделе «Мусульмане и государство» действующее законодательство рассматривается как результат договора всех социальных групп об общих нормах сосуществования на единой территории, в единой правовой и экономической системе, с целью обеспечения основных прав и свобод граждан. Соблюдение норм законодательства страны, как отмечается в программе, является не только гражданским, но и религиозным долгом мусульман. Подчёркивается, что «неисполнение своих законных гражданских обязанностей, призывы от имени верующих и религиозных общин к участию в каких-либо акциях гражданского неповиновения и мятежа считаются в исламе недопустимыми».

Занимая зрелую гражданскую позицию, авторы документа подчёркивают, что российские мусульмане признают Конституцию РФ как высший договор, регулирующий жизнь всего населения страны. Вместе с тем они признают «право высших органов государственной власти, избранной народом, включая и мусульман, решать вопросы войны и мира в соответствии с основным законом страны на благо всех российских граждан».

В целом принятый документ ориентирован на обеспечение духовного, экономического и культурного благополучия российской мусульманской уммы, а также её успешную интеграцию в процесс созидания и укрепления российского государства. В нём обозначены основные принципы жизни мусульманской общины и предложены конкретные механизмы решения вопросов религиозной жизни, социальных проблем и государственно-исламских отношений. Последовательная реализация программы позволит исламским организациям превратиться в важный элемент формирующегося в России гражданского общества и эффективно представлять неполитические интересы российских мусульман.