К началу Великой Отечественной войны в результате массированной атеистической пропаганды и нескольких общесоюзных кампаний по закрытию молитвенных зданий позиции ислама в СССР еще больше ослабли. К тому времени по всей стране были закрыты шариатские суды, не осталось и сети религиозных образовательных учреждений.

Однако реалии военного времени вынудили руководство партии отчасти пересмотреть свою политику в сфере религии. С одной стороны, это было связано с патриотической позицией, занятой религиозными организациями в годы Великой Отечественной войны. Верующие принимали самое активное участие в военных действиях и в сборе материальных средств для нужд Красной Армии. С другой стороны, жёсткий контроль, установленный сталинским режимом над всеми формами общественной активности, и подавление любых проявлений несоответствия с советским образом жизни в условиях войны были невозможны. В результате многие верующие начали открыто высказывать свои религиозные взгляды, посещать молитвенные здания и отправлять обряды, игнорируя многие запреты и ограничения.

Одной из причин корректировки религиозной политики стала международная ситуация. Перед Советским Союзом стояла важная задача — открытие второго фронта. В этих условиях демократизация некоторых сторон жизни советского общества могла благоприятно сказаться на ходе переговоров с союзниками. Черчилль и Рузвельт дали Сталину понять, что настроить общественное мнение их стран в пользу Советского Союза могут сведения о религиозной свободе в СССР. Не случайно официальное признание властями заслуг религиозных организаций и верующих произошло накануне переговоров на высшем уровне в Тегеране.

В сентябре 1943 г. состоялась встреча И. В. Сталина с главами Русской православной церкви, в ходе которой были приняты решения, ознаменовавшие новый этап в отношениях государства и религии. На практике это выразилось в смягчении налогового законодательства в отношении зарегистрированных служителей культа, освобождении их от призыва по мобилизации, предоставлении религиозным организациям ограниченных прав юридического лица и других действиях государства.

В 1943 г. в дополнение к действующему Центральному духовному управлению мусульман (с центром в г. Уфе) были образованы ещё три духовных управления мусульман — Северного Кавказа (Буйнакск), Закавказья (Баку) и Средней Азии и Казахстана (Ташкент). Это событие стало частью идеологической кампании, проводившейся советским руководством для воздействия на гражданские, патриотические чувства населения и для его мобилизации в военных условиях. Среди духовных управлений мусульман статус неформального лидера приобрело Среднеазиатское духовное управление, в ведении которого находилось единственное на территории СССР высшее мусульманское учебное заведение — медресе «Мир-Араб» (г. Бухара). Прочие духовные управления рассматривались властями как второстепенные, представляющие периферию «советского ислама».

В мае 1944 г. был учреждён Совет по делам религиозных культов при Совете народных комиссаров. Новый орган был призван осуществлять связь между правительством и религиозными объединениями. В его функции входило своевременное информирование партийных и государственных структур о состоянии и деятельности конфессиональных организаций, составление статистических сводок об уровне религиозной активности населения.

В 1948 г., впервые за 22 года, был созван меджлис Центрального духовного управления мусульман (переименованного на съезде в Духовное управление мусульман Европейской части СССР и Сибири — ДУМЕС). Однако принятые на съезде решения лишь подтвердили ограниченность прав верующих и духовенства в тот период. Из ведения Духовного управления были изъяты такие полномочия, как право организовывать конфессиональные школы и курсы для подготовки служителей культа и составлять метрические книги. В его компетенции оставались функции богословского характера, а также отныне ему предписывалось вести учёт мечетей и молитвенных домов.

Завершение краткосрочной разрешительной политики Советского государства в отношении религии совпало по времени с окончанием послевоенного периода. В 1948 г. Совет по делам религиозных культов разослал своим уполномоченным циркуляр, предписывавший прекратить вынесение положительных решений по ходатайствам о регистрации религиозных общин. В 1949 г. в СССР осталось всего 415 мечетей, в 1952 г. — 351, в 1965 г. — 305.