В то время как в Центральной России государство и мусульманская община занимались поиском путей адаптации ислама к российской действительности, на Северном Кавказе ситуация складывалась иначе. В конце XVIII в. попытки установления российского господства во всём регионе вызвали мощное противостояние населения кавказских народов, особенно на территории нынешних Чечни и Дагестана.

Начало активному военному сопротивлению российскому влиянию было положено в 1785 г. чеченцем Ушурмой, известным под именем шейх Мансур (1760–1794). Он отличался аскетизмом, обладал ораторскими способностями, в своих проповедях выступал против кровной мести и призывал к единению мусульман. Царские власти неоднократно пытались схватить шейха Мансура, но преследования лишь способствовали тому, что он стал мощной политической фигурой на всём Северном Кавказе. В июле 1787 г., потерпев ряд военных поражений, шейх Мансур сначала перебрался за реку Кубань, а позднее — в турецкую крепость Анапу. Там он оставался до её взятия русскими войсками 22 июня 1791 г. После взятия в плен он был приговорён к пожизненному заключению и скончался в апреле 1794 г.

Новый всплеск народно-освободительной борьбы под знаменем ислама был связан с созданием в 1840-е годы военно-теократического государства — Имамата Чечни и Дагестана. Во главе движения встал имам Шамиль, аварец по национальности. В своей религиозной и политической деятельности имам Шамиль руководствовался принципами суфийского тариката накшбандийя. При нём территория Чечни была разделена на военно-административные районы, которыми управляли назначенные им наместники-наибы. Они были наделены правами религиозной, административной, военной и судебной власти.

Однако Шариат, бывший вначале консолидирующей силой, позднее способствовал ослаблению Имамата. Противоречия между Шариатом и народными обычаями (адатом), а также приверженность доисламским традициям и родовая сплочённость чеченского населения расшатывали жёсткую военно-теократическую структуру горского государства. После падения Имамата и пленения Шамиля (25 августа 1859 г.) территория Чечни была включена в состав Терской области Российской империи. Несмотря на это, военные действия на Северном Кавказе растянулись на несколько десятилетий, и их завершение в 1864 г. отнюдь не означало полного подчинения края.

В тот же период в Чечне всё большую известность приобретал шейх Кунта-хаджи Кишиев (1830–1867). Он рано получил духовное образование и сначала был последователем Гази-хаджи, накшбандийского шейха из селения Зандак. В конце 1850-х годов Кунта-хаджи совершил хадж, а по возвращении на родину стал проповедовать учение другого суфийского братства — кадирийя. Кунта-хаджи осуждал всякую войну как богопротивный акт, призывал к смирению перед волей Аллаха, к поиску спасения в мире вечном. Это противоречило воинственной идеологии имама Шамиля, и учение Кунта-хаджи в Имамате было запрещено, а сам учитель подвергался гонениям. После падения Имамата число последователей Кунта-хаджи стало расти и в начале 1860-х годов превысило 5 тысяч человек. Его мирная проповедь была весьма привлекательной для людей, только что переживших многолетнюю войну, и это вызывало опасение местных властей. Представители официального мусульманского духовенства по просьбе царской администрации созывали сельские сходы и устраивали богословские диспуты с Кунта-хаджи и его сторонниками. В январе 1863 г. по распоряжению Терского генерал-губернатора Кунта-хаджи был схвачен и отправлен в ссылку в г. Устюжна Новгородской области, где и погиб.

К концу XIX в. распространение ислама на Северном Кавказе приобрело чёткие очертания. В этом регионе возобладал ислам суннитского направления, незначительное количество шиитов проживало только в южных районах Дагестана. В Дагестане, Чечне и Ингушетии получил распространение суфизм: с конца XVIII в. накшбандийский, со второй половины XIX в. — кадирийский и с начала XX в. — шазилийский (только в Дагестане) тарикаты. В западных областях Северного Кавказа суфизм не получил широкого распространения.