В Советском Союзе кадры мусульманского духовенства готовили в двух исламских учебных заведениях: в медресе «Мир-Араб» (Бухара) и в Исламском институте (Ташкент). Небольшое число выпускников этих учебных заведений направлялись для повышения квалификации в зарубежные исламские университеты (главным образом в Египет). В России первым учебным заведением, готовящим имамов, муэззинов и преподавателей религиозных дисциплин, стало медресе имени Р. Фахретдинова (Уфа), обучение в котором началось в 1989 г.
В девяностые годы прошлого века из-за отсутствия достаточного количества квалифицированных имамов и религиозных деятелей широкий размах приобрела деятельность зарубежных миссионеров, которая далеко не всегда была созвучна с российскими традициями и интересами российских мусульман. Меры по удовлетворению духовных потребностей мусульманского населения принимались в двух направлениях. Во-первых, создавалась система российского исламского образования. Во-вторых, несколько тысяч молодых мусульман были направлены на учёбу за рубеж.
В настоящее время начальные знания о религиозных дисциплинах можно получить в мактабах и медресе — мусульманских начальных и средних школах. В мактабах традиционно обучаются дети шести — десяти лет. Занятия проводятся, как правило, по выходным дням. Обучаемые получают первоначальные знания по основам ислама, исламской нравственности, учатся чтению и письму на арабском языке, читают короткие суры из Корана, хадисы Пророка Мухаммада, учатся совершать молитвы.
Медресе имеют начальную, среднюю и высшую ступени, окончившие медресе получают возможность поступить в высшие профессиональные исламские учебные заведения — исламские институты и университеты. В медресе учащиеся изучают Коран, толкование Корана, хадисы, углубляют свои знания в области мусульманского вероучения, истории ислама, изучают мусульманское право. Особое место в учебной программе отводится изучению арабского языка.
Для желающих ознакомиться с основами мусульманского вероучения, религиозной практики и морали при мечетях и медресе функционируют воскресные школы. В них обучаются и дети (примерно с семи лет), и молодёжь, и старшее поколение без возрастного ограничения. Воскресные школы очень популярны среди мусульманского населения, сюда приходят целыми семьями. Каждый занимается в своей группе, получает соответствующее своему возрасту религиозное обучение и воспитание.
В настоящее время в России насчитывается свыше ста мусульманских религиозных учебных заведений, большинство которых представлены в Совете по исламскому образованию. Наибольшую известность приобрели Российский исламский университет (Казань), Московский исламский университет, Московский исламский институт, Дагестанский исламский университет имени имама аш-Шафии (Махачкала) и Казанское высшее мусульманское медресе «Мухаммадийя». Мусульманские высшие учебные заведения — исламские институты и университеты — готовят священнослужителей. Однако круг деятельности выпускников духовных учебных заведений выходит за рамки богослужебных дел. Многие из них активно вовлечены в такие сферы деятельности, как преподавание, социальная и издательская работа.
В настоящее время в системе исламского образования осуществляются структурные изменения, создан Совет по исламскому образованию при Совете муфтиев России. С целью выработки единых образовательных стандартов утверждаются учебные планы, программы, издаются учебники для начальных и средних ступеней. И хотя процесс реформирования системы исламского образования далёк от завершения, уже сейчас можно говорить о том, что в ближайшие годы отпадёт необходимость в массовом обучении молодых имамов в зарубежных вузах, где они могут испытать на себе влияние чуждой идеологии или культуры.