После присоединения земель Казанского, Сибирского и Астраханского ханств Московское государство взяло курс на христианизацию и ассимиляцию нерусских народов. Помимо собственно идеологических мотивов этот выбор диктовался соображениями безопасности, поскольку религиозная и этническая неоднородность населения завоёванных территорий рассматривалась как потенциальная опасность для русского государства.
В 1649 г. в Соборном уложении за православием было закреплён статус официальной государственной религии, а за русской церковью — монопольное право на ведение миссионерской деятельности. За обращение в мусульманство русских людей предусматривалась смертная казнь. Вместе с тем мусульмане получили право приносить присягу согласно требованиям их веры, и для этой цели в Посольском приказе имелся специальный экземпляр Корана.
Опорными центрами христианизации в Среднем Поволжье стали монастыри, получившие огромные земельные пожалования, а руководство процессом было возложено на созданную в 1555 г. Казанскую епархию. С целью более успешного ведения миссионерской деятельности в 1731 г. в Свияжске организуется специальная Новокрещенская комиссия, преобразованная в 1740 г. в Новокрещенскую контору.
В годы правления Петра I экономическое давление на мусульман достигло наибольшего размаха. На татар, не желавших расставаться с религией предков, переложили повинности и обязанности поголовно крестившегося языческого населения Поволжья. Результатом усилий церкви и государства по обращению нерусских народов в православие стало появление группы крещёных татар (кряшен). К шестидесятым годам XVIII в. их удельный вес в составе татарского населения Поволжья и Приуралья достиг максимальной величины — 7,6 %. Правда, в начале XX в. их доля в общей численности татар составляла уже не более 4,2 %.
Провал избранного в отношении мусульман курса был особенно заметен на фоне практически полностью перешедших в христианство языческих народов Среднего Поволжья (чувашей, марийцев, мордвы, удмуртов). Однако культурные и экономические устои мусульманских обществ были существенно подорваны. Феодальная аристократия была практически полностью ликвидирована ещё в пятидесятые — шестидесятые годы XVI в. во время народных выступлений. Та часть, которая переходила на службу к русскому царю, постепенно растворилась в соответствующих слоях русского общества. Разрушение мечетей, закрытие учебных заведений, преследование служителей культа, отсутствие какой-либо системы народного образования привели к резкому сокращению духовенства. Сумевшие выжить и адаптироваться к новым условиям могли реализовать себя только в рамках местной религиозной общины.
Для сохранения культурных основ общества мусульмане пытались использовать традиционные общественные институты, не поддававшиеся сиюминутному разрушению. Например, у татар заметно выросла значимость джиена — сельской общины, во главе которой стоял совет старейшин-аксакалов. Решения совета считались обязательными для всех членов общины.
В XVI–XVIII вв. значительно усилил свои позиции суфизм, за внешней социальной пассивностью которого была скрыта значительная идеологическая сила и сложная система духовной иерархии. Суфийские учения, нацеленные на выявление и использование внутренних ресурсов личности, частично заполнили идеологический, идейно-политический и социально-структурный вакуум, образовавшийся в мусульманском сообществе того периода.
Таким образом, в первой половине XVIII в. мусульманские регионы оставались потенциальным очагом сепаратизма внутри Российской империи. Власти осознавали необходимость выработки более эффективных механизмов вовлечения мусульман в государственную систему. Первым шагом в этом направлении стало установление контроля над мусульманским духовенством и деятельностью шариатских судов. Ещё в 1736 г. при императрице Анне Иоанновне был принят указ, по которому высшее мусульманское духовенство оказалось подконтрольно местной администрации. Но кардинальные изменения в национальной и религиозной политике произошли только при императрице Екатерине II.