28 джумадаль-уля 487 года от Хиджры (15 (21) июня 1094) войско Родриго Диаса де Вивара, известного как Сид Кампеадор, после продолжительной осады и долгих переговоров вступило в Валенсию. Кастильский герой, воспетый в поэмах и легендах, в очередной раз проявил вероломство и не отступил в свой лагерь в Эль-Джубале, разместившись во дворце Вильянуэва, а его наёмники начали занимать дома в городе. Это было второе потрясение для мусульман Аль-Андалуса после падения Толедо, и эмир альморавидов Юсуф ибн Ташфин начал приготовления к походу на Валенсию.
Шёл тысяча девяносто второй год, четыреста восемьдесят пятый год от Хиджры. Альморавиды сумели менее чем за два года взять под свой контроль южные и западные области Аль-Андалуса. Гранада, Севилья, Альмерия, Мурсия, Шатива и Дения находились под их контролем, но дальнейшее продвижение на восток означало столкновение с войском кастильского генерала Эль-Сида, который к тому времени уже действовал без оглядки на короля Альфонсо VI. Угрожая мусульманским эмирам, он собирал дань с Альбаррасина, Валенсии и ещё нескольких крепостей. Тем не менее по сути своей Эль-Сид оставался солдатом удачи, грабившим деревни и укрывавшимся в горных крепостях. Для того чтобы повысить свой статус, ему нужно было во что бы то ни стало овладеть самой Валенсией, богатым и хорошо укреплённым городом, который по-прежнему находился в руках эмира аль-Кадира.
Между тем в Валенсии с каждым днём росло недовольство действиями аль-Кадира, который платил Эль-Сиду огромную дань. Горожане опасались, что аль-Кадир сдаст город христианам, как он сдал им Толедо, и надеялись на помощь альморавидов. Во главе партии, выступавшей за решительный разрыв с кастильцами, был кадий Абу Ахмад Джафар ибн Абдаллах ибн Джаххаф аль-Муафири. Он обратился за помощью к Мухаммаду ибн Аише, сыну эмира мусульман Ибн Ташфина, и тот отправил в Валенсию сорок всадников под командованием Абу Насира.
Как только альморавиды вошли в город, там начались волнения, и во главе народа встал Ибн Джаххаф. По его приказу был арестован Ибн аль-Фарадж, которого Эль-Сид назначил своим представителем в Валенсии, и захвачен дворец аль-Кадира. Эмир захватил с собой украшения и драгоценности и попытался спрятаться в бане, где его и зарубили. Это случилось 23 рамадана 485/28 октября 1092 года.
Власть в городе перешла к джамаату, который на следующий день назначил старшим Ибн Джаххафа. В городе был наведён порядок, но все понимали, что судьба Валенсии окончательно не решена. Главная угроза городу по-прежнему исходила от Эль-Сида, войска которого подошли к стенам Валенсии где-то в конце 1092 года. Наёмники разграбили окрестности города и разбили лагерь к северу от него, в местечке Эль-Джубаля. Валенсийцы собрали отряд из 300 человек, который охранял городские стены и башни.
Но Эль-Сид понимал, что ему вряд ли удастся взять город штурмом. Поэтому он вступил в тайную переписку с Ибн Джаххафом, потребовав от него прогнать альморавидов и пообещав сделать его единовластным правителем тайфы. Многие валенсийцы тоже были недовольны присутствием альморавидов, и Ибн Джаххаф воспользовался этим для того, чтобы склонить народ к миру с Эль-Сидом. Было решено, что альморавидам позволят безопасно покинуть город, Эль-Сиду будут выданы все сокровища, захваченные у эмира Аль-Кадира, Эль-Сиду будет также выплачиваться джизья, установленная ранее в размере 1000 динаров в неделю, и будет выплачено всё, что город задолжал ему с начала мятежа, и что западный пригород Аль-Кудия останется в руках кастильцев. Альморавиды не вмешивались в обсуждение условий договора с кастильцами, видя, что валенсийцы не желают сражаться с захватчиками. Поэтому, когда договор с Эль-Сидом был заключён, они покинули Валенсию, но кастильцы не стали выполнять условия договора и вскоре стали с ещё большей дерзостью грабить крестьян.
По мере того как росло недовольство жителей Валенсии, положение Ибн Джаххафа осложнялось и ухудшались его отношения с богатыми горожанами. Со временем Ибн Джаххаф был вынужден согласиться на требование Эль-Сида разместить его солдат и в других пригородах Валенсии, что вызвало ещё большее беспокойство горожан. В конце концов Эль-Сид потребовал от Ибн Джаххафа выслать к нему его сына в качестве заложника, в ответ на что Ибн Джаххаф приказал закрыть ворота города и обратился за помощью к генералу альморавидов Ибн Аише, эмиру Сарагосы аль-Мустаину и даже королю Альфонсо VI. Эль-Сид же снова осадил Валенсию, к тому времени уже разграбленную и надломанную.
Осада Валенсии продолжалась двадцать месяцев, в течение которых горожане проявили великую стойкость. Поначалу торговцы резко подняли цены на продукты питания, но со временем запасы продовольствия начали иссякать, так что люди ели котов, собак и даже трупы людей. Ибн Джаххаф снова послал за помощью к Ибн Худу, предлагая эмиру Сарагосы вознаграждение и земли в награду за спасение мусульман от смерти и пленения, но тот не решался бросить вызов Эль-Сиду.
Весной 1094 года в городе распространилась болезнь, и люди стали умирать в домах и на улицах. Городская знать настаивала на переговорах с Эль-Сидом, и Ибн Джаххаф был вынужден уступить. Валенсийцы отправили переговорщиков, которые согласились на то, чтобы представитель Эль-Сида управлял сбором налогов и податей и просили его гарантировать безопасность и жизнь всем жителям города, а также лично кадию Ибн Джаххафу и его семье, не менять городских законов, не расселять в городе своих солдат и не переселять проживавших в нём христиан.
В то же время было решено в последний раз отправить гонцов в Сарагосу и в Мурсию, где находилось войско альморавидов. Поэтому подписание договора было отложено на две недели в надежде на то, что в течение этого срока подоспеет помощь из других городов. Но две недели прошли, и у горожан не осталось ни надежды на избавление, ни сил для сопротивления.
В четверг 28 джумадаль-уля 487/15 июня 1094 года Ибн Джаххаф в сопровождении знатных мусульман и христиан выехал к Эль-Сиду, и стороны подписали договор о сдаче Валенсии. А в полдень кастильцы вошли в город и немедленно заняли крепостные башни и дворец эмира и начали обыскивать дома знатных горожан. Потом Эль-Сид пригласил во дворец городскую знать, пообещал править справедливо, уважать законы шариата и раздал многие другие обещания.
Эль-Сид свободно владел арабским языком и хорошо знал мусульман, и его действия в первые дни после завоевания города пришлись по душе многим валенсийцам. По приказу Эль-Сида были закрыты окна в башнях, из которых можно было заглядывать в частные дворы. Два раза в неделю он рассматривал жалобы горожан и не избегал встречи с ними, так что в особых случаях каждый мог подойти к нему и рассказать о своей беде.
Согласно договору о сдаче города, управление городскими делами перешло к иудею Мусе (которого назначил кастильский генерал и который служил ещё при дворе эмира аль-Кадира), Ибн Джаххаф продолжал исполнять обязанности кадия, а Ибн Удайс заведовал сбором налогов. Вместе с тем валенсийцам было запрещено покидать город, а Эль-Сид, не теряя времени, начал регулярно совершать набеги на соседние деревни и замки.
Известия о событиях в Валенсии быстро распространились по Аль-Андалусу и дошли до Магриба. Никто на востоке Аль-Андалуса больше не чувствовал себя в безопасности, и люди ждали более решительных действий от альморавидов. В источниках сообщается, что эмир мусульман Юсуф ибн Ташфин, узнав о судьбе Валенсии, тяжело переживал и не мог думать ни о чём, кроме возмездия. Но где были армии альморавидов и андалусцев на протяжении тех двадцати месяцев, что валенсийцы отчаянно удерживали свой город, теряя родных и близких?
История умалчивает о том, почему отряды из Мурсии, Сарагосы, Кордовы и других городов, которые, объединившись, могли легко разогнать наёмников Эль-Сида, не пришли на помощь Валенсии. Вполне вероятно, что альморавиды были заняты укреплением своей власти на завоёванных территориях и не рассчитывали на поддержку местных мусульман. Так или иначе, но вскоре после падения Валенсии в Сеуте начались приготовления к новому заморскому походу альморавидов, а командование армией было поручено Мухаммаду ибн Ташфину, племяннику эмира Юсуфа.