15 раджаба 495 года от Хиджры (5 (12) мая 1102) после многомесячной осады альморавиды под командованием эмира Абу Мухаммада Маздали ибн Cаланкана (Тиланкана), двоюродного брата Юсуфа ибн Ташфина, вернули под власть мусульман Валенсию. Вдова Родриго Диаса де Вивара, известного как Сид Кампеадор, донья Химена не могла долго удерживать город и попросила помощи у короля Альфонсо VI, который вывез её вместе с казной в Кастилию и предал город огню. Когда мусульмане заняли Валенсию, в городе не было ни одной уцелевшей мечети. Тем не менее, по словам мусульманского летописца, после покорения Валенсии Юсуф ибн Ташфин «увидел себя властелином всей Андалусии».
Падение Валенсии стало первым крупным успехом христиан после тяжёлого поражения при Саграхасе и ударило по престижу альморавидов. Эмир мусульман Юсуф ибн Ташфин понимал, что отбить хорошо укреплённый город у Эль-Сида будет непросто, но обстоятельства вынуждали его действовать решительно и без промедления. Прибыв в Сеуту, он разослал послания эмирам в Аль-Андалусе и поручил своему племяннику Мухаммаду ибн Ташфину собрать новую армию для похода на Валенсию.
Не прошло и трех месяцев после успеха Эль-Сида, как армия альморавидов уже пересекла пролив и в шаввале 487/сентябре 1094 года прибыла в Мурсию. Узнав о приближении берберов, новый лорд Валенсии поспешил обратиться за помощью к королю Кастилии и Леона Альфонсо VI и молодому королю Арагона Педро Санчесу, который получил корону после гибели его отца под Уэской.
Опасаясь мятежа в городе, дон Родриго приказал обезоружить всех жителей и лишил неприкосновенности каждого, кто спрячет кусок железа, который можно использовать как оружие. В один из дней кастильцы изгнали из города стариков, женщин и детей, за которых некому было заступиться. В течение всего рамадана наёмники Эль-Сида наводили страх на жителей города, которые боялись выходить на улицу и даже переговариваться друг с другом.
В конце рамадана 487/октябре 1094 года армия Мухаммада ибн Ташфина, к которой присоединились отряды из Альбаррасина, Лериды, Тортосы и других городов, подошла к Валенсии и разбила большой лагерь у реки в пригородах Куарт и Мислата, что к западу от Валенсии. Согласно Ибн Изари, численность войска составляла около четырёх тысяч человек. Наступление на Валенсию началось сразу после завершения поста, но несколько дней непрерывных атак не принесли успеха.
Кастильцы распространяли слухи, что им на помощь спешит многочисленное войско из Арагона. Но Эль-Сид понимал, что помощь может и не подоспеть, и поэтому он решил действовать самостоятельно. 8 шавваля/23 октября кастильцы совершили дерзкую ночную вылазку и, сумев отвлечь мусульман, напали на лагерь с другой стороны. Войско берберов было настигнуто врасплох, и люди в панике разбегались во все стороны. В ту ночь много мусульман было убито, а кастильцы вместе с добычей отступили и укрылись за стенами города.
На следующий день Родриго собрал у себя во дворце в пригороде Вильянуэва богатых валенсийцев и рассказал им о том, как его небольшой отряд расправился с берберами. Он потребовал от них выкуп в размере 700 тысяч мискалей золотом и запер их во дворце, пригрозив им в случае отказа суровой расплатой. Потом иудей Муса уговорил его снизить выкуп до двухсот тысяч и в течение нескольких дней собирал эти деньги с жителей Валенсии, многие из которых отдавали последнее.
Между тем эмир Мухаммад решил отвести войска к Шативе, чем разгневал своего дядю Ибн Ташфина. Поначалу тот не хотел слушать никаких оправданий, но в итоге смирился с поражением и отправил эмиру Мухаммаду денег для продолжения боевых действий из Шативы. Однако действия альморавидов не представляли серьёзной опасности для Родриго, который время от времени совершал рейды на соседние земли. Теперь ничто не мешало ему стать полновластным правителем Валенсии и избавиться от влиятельных противников в городе.
В первую очередь Эль-Сид хотел поквитаться с кадием Ибн Джаххафом, который правил Валенсией после убийства эмира аль-Кадира. Он сумел склонить на свою сторону нескольких знатных мусульман, и те согласились выдать ему Ибн Джаххафа. Арест кадия и его семьи был представлен как попытка уличить виновных в убийстве бывшего эмира аль-Кадира. Ибн Джаххафа увезли в замок Эль-Джубаля, а Эль-Сид заявил городской знати о своём намерении поселиться во дворце эмира.
Спустя несколько дней Ибн Джаххафа привели во дворец к Эль-Сиду. Не выдержав пыток, кадий собственноручно написал признание в убийстве эмира и составил список драгоценностей, которые он забрал у того. По приказу Эль-Сида кадий предстал перед судом, на котором присутствовали знатные представители обеих религий. Но коварный замысел состоял в том, чтобы ни у кого не оставалось сомнений в справедливости сурового приговора.
Эль-Сид потребовал от Ибн Джаххафа поклясться, что он не утаил ничего из драгоценностей убитого эмира, а если он солжёт, то заслуживает смерти. После того как кадий принёс такую клятву, драгоценности долго искали по всему дворцу и в конце концов нашли украшение, о котором Эль-Сид давно спрашивал Ибн Джаххафа. Спросив совета у знати, Эль-Сид приказал сжечь кадия и его семью на костре.
Хронист Мухаммад ибн Алькама, бывший свидетелем той расправы, сообщает, что Ибн Джаххафа почти по пояс поместили в яму, вокруг которой разожгли костёр. Кадий держался мужественно и руками придвигал к себе дрова, чтобы сократить свои мучения, и испустил дух на глазах у потрясённых горожан. Такая же участь ожидала его жену и детей, но Эль-Сид поддался на уговоры уважаемых горожан и пощадил их. Это случилось в джумадаль-уля 488/мае 1095 года.
После казни кадия Эль-Сид уже не заботился о соблюдении договора с валенсийцами и ужесточил поборы. Спустя некоторое время он приказал переделать в собор главную мечеть в городе. Положение Эль-Сида ещё больше упрочилось после того, как в конце ноября 1096 года арагонцы захватили Уэску. Теперь король Педро охотно принял приглашение Эль-Сида вместе сразиться против альморавидов, которые в случае успеха в Валенсии непременно угрожали бы его границам. Эль-Сид решил использовать эту возможность для того, чтобы укрепить крепость Пенья-Кадьелья на юге Валенсийской земли.
Объединённое войско валенсийцев и арагонцев двигалось уверенно, будто вызывая на бой берберов, которые не решались напасть и только сопровождали противника. Выполнив миссию и пополнив запасы оружия и провианта в удалённой крепости, союзники двинулись обратно. В одном из горных проходов под Барейном, недалеко от Гандии, путь им преградила армия альморавидов. Битва, случившаяся в январе 1097 года, закончилась полным поражением берберов, которые нелепым образом упустили численное превосходство и тактическое преимущество.
Неспособность берберских эмиров переломить ход войны на востоке Аль-Андалуса и успешный союз Эль-Сида с арагонцами угрожали могуществу альморавидов. Воспользовавшись стабильностью в Магрибе, эмир мусульман Юсуф ибн Ташфин в 490/1097 году совершил свой четвёртый поход в Аль-Андалус и первым делом направил армию под командованием Мухаммада ибн аль-Хаджа против кастильцев. В августе 1097 года удача сопутствовала альморавидам при Консуэгре, и в той битве был убит единственный сын Эль-Сида — Диего Родригес. В том же году армия Мухаммада ибн Аиши нанесла поражение войску Альваро Фаньеса под Куэнкой, после чего он вторгся в Валенсийскую землю и разбил людей Эль-Сида у реки Хукар, недалеко от современной Альсиры.
Гибель сына опечалила дона Родриго, и он решил отомстить каидам Мурвьедро и Альменары, которые помогали альморавидам. Обе крепости занимали важное стратегическое положение и контролировали северный путь в Валенсию. Альменара, расположенная на невысоком холме, пала после трёхмесячной осады (предположительно в конце 1097 года), и её жителям было позволено свободно уйти.
Крепость Мурвьедро (совр. Сагунто) была неприступной по тем временам, но спустя несколько месяцев осады запасы продовольствия в крепости иссякли, и её защитники напрасно надеялись на помощь от альморавидов или сарагосцев. Командир гарнизона обратился за помощью даже к королю Кастилии и графу Барселоны, но желавших сразиться с войском Эль-Сида не было. В конце июня 1098 года гарнизон Мурвьедро сдался после того, как получил гарантии беспрепятственного ухода вместе с семьями.
Последние годы жизни Родриго посвятил укреплению политического статуса Валенсии. Он едва ли разделял взгляды клюнийцев, которые своими проповедями разрушали вековые традиции сосуществования мусульман, христиан и иудеев в Испании. Вместе с тем он понимал, что вся Европа охвачена крестоносным энтузиазмом и реформированная церковь начинает играть всё более важную роль в жизни и политике христианских королевств. Поэтому Эль-Сид одобрил отказ от мосарабского обряда, а новым настоятелем Валенсийского собора был избран французский монах Иероним Перигор. Сведения о нём крайне запутанные, и, вероятно, он был рукоположен в священники уже после этого, во время своей поездки ко двору папы.
Дон Родриго не был стар, но раны и утрата сына давали знать о себе. Он выдал замуж свою дочь Марию за графа Барселоны Рамона Беренгера III, а донью Кристину — за наваррского дворянина Рамиро Санчеса. Их сын Гарсия Рамирес в 1134 году стал королём Наварры, восстановив независимость королевства после 58-летнего союза с Арагоном. Родриго Диас де Вивар умер 10 июля 1099 года в своём дворце в Валенсии. Править городом стала его вдова донья Химена, двоюродная сестра короля Альфонсо, заручившаяся поддержкой ближайшего окружения Эль-Сида.
О том, что произошло дальше, повествует анонимный автор «Истории Родриго» (XII век): «Родриго умер в Валенсии в месяце июле эры 1137. После его кончины несчастная жена осталась в Валенсии с большим отрядом рыцарей и пеших воинов. Когда новость о его смерти достигла сарацин, которые жили за морем, они собрали значительную армию и выступили против Валенсии. Они осадили её со всех сторон и штурмовали город в течение семи месяцев. Его жена, лишённая столь великого мужа, обнаружив себя в стеснении врагами и без возможности побороть несчастия, послала епископа города к королю Альфонсо просить помощи. Получив приглашение, король быстро прибыл в Валенсию со своей армией. Несчастная жена Родриго приняла его с огромнейшей радостью и целовала его ноги. Она умоляла помочь ей и всем христианам, кто был вместе с ней. Но король не нашёл никого среди своих мужей, кто мог бы удержать город и защитить его от сарацин; ибо город располагался слишком далеко от его королевства. Поэтому он вернулся в Кастилию, взяв с собой жену Родриго и тело её мужа, а также всех христиан с их богатствами и товарами. Когда они оставили Валенсию, король приказал поджечь город, и затем увел своих людей в Толедо. Сарацины, которые бежали перед прибытием короля, оставив осаду, вернулись в город вскоре после ухода короля, несмотря на то, что он был сожжен, и снова поселились там. С тех пор они никогда его не теряли. Жена Родриго, в сопровождении рыцарей мужа, перенесла его тело в монастырь Сан-Педро-де-Карденья. Там она устроила достойные похороны, одарив монастырь за упокой его души немалыми дарами».
