1 мухаррама 500 года от Хиджры (2 (9) сентября 1106) после продолжительной болезни в Марракеше скончался эмир альморавидов Юсуф ибн Ташфин, и ему наследовал его младший сын Абу аль-Хасан Али. Первые годы его правления были достаточно успешными, но альморавиды уже достигли пределов своего могущества, и глубокие межплеменные и межэтнические противоречия, которые Ибн Ташфин сумел прикрыть идеей джихада, начали постепенно обнажаться.
После освобождения Валенсии альморавиды выбили отряды кастильцев из крепостей Мурвьедро и Альменара, и эмир Маздали, двоюродный брат Юсуфа ибн Ташфина, начал благоустраивать город. Он занимал должность вали Валенсии до 497/1103 года, а оттуда был переведён в Тлемсен. Наместником Валенсии вместо него был назначен генерал Абу Мухаммад ибн Фатима, который продолжил наступление на соседние тайфы, которые прежде платили дань Эль-Сиду. В 496/1103 году берберы дошли до гор Сьерра-де-Хаваламбре и присоединили тайфу Альпуэнте, которой девяносто лет правил уважаемый арабский род аль-Фихри.
Престарелый эмир Альбаррасина — Абд аль-Малик ибн Разин — изъявил покорность Ибн Ташфину, но вскоре после этого умер. В раджабе 497/апреле 1104 года альморавиды свергли его сына Яхью ибн Абд аль-Малика и заняли Альбаррасин. Из мавританских тайф только Сарагоса по-прежнему сохраняла независимость, но эмиру Ахмаду аль-Мустаину едва удавалось сдержать нападения кастильцев и арагонцев.
Между тем эмиру альморавидов Юсуфу ибн Ташфину было уже за девяносто лет, и он задумывался о судьбе огромной империи, которую ему удалось построить. При жизни Абдаллаха ибн Ясина альморавиды, руководствуясь маликитским фикхом, избирали своих эмиров совещательным путём. Но теперь власть была сосредоточена в руках лемтунской знати, и Ибн Ташфин не решался нарушить установившийся порядок. В 495/1101 году, заручившись поддержкой каидов и улемов, он назначил наследником своего сына Абу аль-Хасана Али. Соответствующий указ был составлен его визирем Абу Мухаммадом ибн Абд аль-Гафуром, и в 496 году он был зачитан в Кордове в присутствии кадией, факихов и других уважаемых людей, которые поклялись в верности будущему эмиру. Несмотря на то, что Али был младшим из сыновей Юсуфа, хронисты не упоминают о каких-либо разногласиях по поводу его назначения, и его старший брат Тамим поддерживал его до конца своих дней.
После возвращения Ибн Ташфина в Магриб состояние его здоровья ухудшилось, и 1 мухаррама 500/2 сентября 1106 года после продолжительной болезни эмир мусульман умер. Как пишет Ибн Абу Зар, в своём последнем завещании Ибн Ташфин наказал сыну не притеснять берберов масмуда и другие племена Магриба, поддерживать мир с эмирами Сарагосы, земли которых отделяли владения альморавидов от христианских королевств, и оказывать внимание жителям Кордовы и не быть слишком строгим с ними.
Юсуф ибн Ташфин был одним из самых выдающихся правителей в истории Магриба. Ему было около 55 лет, когда он стал командовать армией альморавидов в Магрибе. Вплоть до отречения Абу Бакра аль-Лемтуни он был фактическим правителем Магриба, а после стал полновластным эмиром. Благодаря мудрому управлению Ибн Ташфин сумел добиться согласия между берберами санхаджа, масмуда и зената, что было залогом стабильности в государстве. Когда ему предложили принять титул амир аль-муминин, он отказался от него, но согласился на более скромные титулы амир аль-муслимин (эмир мусульман) и насир ад-дин (помощник религии). Вместе с тем он признавал номинальную власть багдадских халифов, и их имена встречаются на монетах, которые чеканились альморавидами.
Историки описывают Ибн Ташфина как богобоязненного человека, любившего поклонение и почитавшего шариат. Он прислушивался к словам улемов, и они высоко ценили его достоинства. Когда в 488 году имам Абу Хамид аль-Газали встретился с андалусскими учеными Абдаллахом ибн Мухаммадом ибн аль-Араби и его сыном Абу Бакром, они рассказали имаму о событиях в Аль-Андалусе, и тот издал знаменитую фетву о необходимости повиновения Ибн Ташфину как законному правителю. Абдаллах ибн Мухаммад умер в Александрии в 493/1100 году, а его сын в том же году вернулся в Магриб с письмами от багдадских шейхов и грамотой от халифа аль-Мустазхира. Между тем имам аль-Газали был настолько впечатлён рассказами об Ибн Ташфине, что собрался посетить Магриб, но прервал свою поездку в Александрии, когда услышал там о его кончине.
При жизни Юсуфа ибн Ташфина вся полнота власти была сосредоточена в его руках, но в его окружении всегда были секретари и факихи, с которыми он советовался по разным вопросам. В особых случаях он созывал совет, в который входили его близкие родственники и племенные вожди, но окончательное решение он принимал сам. В отсутствие эмира общее управление делами в Магрибе и Аль-Андалусе, включая командование войсками, осуществляли наибы. Резиденция наиба Магриба находилась в Фесе, а наиба Аль-Андалуса — в Кордове. Они же назначали валиев, что управляли городами и подчинёнными им деревнями.
Ибн Ташфин не знал арабского языка и мало нуждался в нём, пока его государство расширялось на землях берберов. Когда же он начал готовиться к походу в Иберию, ему сильно помог секретарь Абд ар-Рахман ибн Асбат. Он был родом из Альмерии и служил при дворе аль-Мутасима ибн Сумадиха. После смерти Ибн Асбата в 487/1094 году его место занял известный литератор своего времени Абу Бакр Ибн аль-Касира, прежде служивший секретарём у эмира Севильи аль-Мутамида. Сам этот факт говорит в пользу многих талантов Ибн аль-Касиры, потому что аль-Мутамид сам был прекрасным знатоком арабского языка и поэзии.
Судебная система Альморавидов опиралась на шариат и маликитский фикх и была независимой от исполнительной власти. Общественных кадиев Магриба и Аль-Андалуса назначал сам эмир мусульман, и они не подчинялись валиям и наибам. Если же кадия города смещали, то жителям разъясняли причину этого. Совет при кадие состоял из четырёх факихов, двое из них работали вместе с кадием, а двое — в мечетях. Дела зиммиев рассматривали судьи из числа христиан и иудеев, а если тяжба была между зиммием и мусульманином, то дело рассматривалось кадием города.
В строгом соответствии с шариатом была выстроена и налоговая политика альморавидов. Ибн Ташфин отменил налоги и пошлины, которые не соответствовали Корану и Сунне, что значительно облегчило положение жителей Магриба и особенно Аль-Андалуса. Как пишут историки, некоторые факихи разрешили Юсуфу собирать дополнительный налог для снаряжения армии. Когда же он потребовал от кадия Альмерии Ибн аль-Фарры собрать этот налог и выслать ему, тот отказался и написал эмиру, что если его казна действительно пуста, пусть он последует примеру Умара ибн аль-Хаттаба и поклянётся в присутствии улемов, что ему нечем покрывать нужды мусульман, и в таком случае ему будет позволено требовать больше, чем закят и харадж.
Между тем положение христиан и иудеев Аль-Андалуса при альморавидах ухудшилось, хотя они продолжали пользоваться правами и свободами зиммиев. Мосарабов подозревали в сотрудничестве с кастильцами и сочувствии к врагам ислама. Ситуацию усугубляли страшные рассказы о крестовом походе франков и их зверствах в Палестине. Когда же стало известно, что после завоевания Антакьи крестоносцы начали поход на Эль-Кудс, факихи потребовали от эмира мусульман снести большую церковь в одном из пригородов Гранады, построенную предположительно в 600 году. В конце джумадаль-ахира 492/конце мая 1099 года церковь была была разрушена, и это один из единичных фактов преследования христиан при Юсуфе ибн Ташфине, которые упоминаются мусульманскими хронистами. Положение иудеев было лучше, но и они находились под пристальным наблюдением и временами подвергались поборам.
Посвятив свою жизнь построению государства, Ибн Ташфин до конца своих дней отличался аскетизмом и скромным бытом. Заботясь о нуждах мусульман и армии, он не строил для себя роскошных дворцов и не предавался усладам. Одной из его заслуг было основание Марракеша, который он сделал своей столицей.
В 454/1062 году Ибн Ташфин выкупил землю у женщины из племени масмуда, примерно в 20 милях от Агмата, на караванном пути, ведущем из Агмата на север страны. Ибн Абу Зар пишет, что, караваны, опасаясь грабителей, старались поскорее пересечь эту местность, и название Мурракуш произошло от берберского выражения «иди быстрее». По указанию Ибн Ташфина было начало строительство мечети, вслед за чем была построена небольшая алькасаба.
Новый город не был похож на Агмат или Сиджильмасу и отражал характер людей из пустыни, не привыкших к узким улицам и тесным дворам. Соседние горы снабжали город питьевой водой на протяжении шести месяцев в году в дополнение к множеству колодцев, которые были вырыты по приказу эмира. Несмотря на расположение между землями племён зената и масмуда, столице альморавидов длительное время ничего не угрожало, и город был обнесён стеной уже после смерти Ибн Ташфина в 527/1133 году, по приказу его сына Али ибн Юсуфа.
